事實上，自上世紀(jì)80年代以來，政府一直對計劃經(jīng)濟時代形成的科技體制進(jìn)行改革，從1999年開始，這一改革全面展開。近20年來，有1000多家開發(fā)類科研機構(gòu)先后進(jìn)入市場，產(chǎn)業(yè)化能力大幅度增強；社會公益科研機構(gòu)分類改革基本到位，創(chuàng)新能力逐步提高；企業(yè)、高校和地方科技力量明顯增強，在一定程度上改變了產(chǎn)業(yè)與科研相分離的局面。

　　但是，科技發(fā)展中的一些障礙尚未從根本上解決。這其中包括科技管理體制的行政化。從最上游的基礎(chǔ)研究如973計劃到863高技術(shù)發(fā)展計劃，到下游的“星火計劃”，政府通過對項目經(jīng)費的分配，掌握著重要的科研與技術(shù)開發(fā)項目的方向。這種科技體制固然具有一定優(yōu)勢，但也存在不少問題，即科研活動在很大程度上由行政人員控制，科研人員的創(chuàng)造力受到抑制。

　　而大量市場開發(fā)項目，不在市場中的審批人員難以預(yù)料市場需求。于是，不少項目是為創(chuàng)新而創(chuàng)新，缺乏與市場銜接的渠道。這樣的項目耗費大量寶貴資金，卻難以產(chǎn)生較大的經(jīng)濟與社會效益。

　　因此，深化科技體制改革，必須重新定位行政部門在科學(xué)研究與技術(shù)開發(fā)中的職能。胡錦濤在全國科技大會的講話中明確指出：“要建立競爭機制，堅持國家科技計劃對全社會開放，支持和鼓勵國內(nèi)有條件的各類機構(gòu)平等參與承擔(dān)國家重大計劃和項目，為全社會積極創(chuàng)新創(chuàng)造良好條件�！�

　　由此，國家的基本職能就是搭建鼓勵創(chuàng)新的機制和平臺，在基礎(chǔ)研究領(lǐng)域，通過建構(gòu)良好的科研院所體制，保障科研人員的學(xué)術(shù)自由；在技術(shù)開發(fā)領(lǐng)域，保護知識產(chǎn)權(quán)，激勵企業(yè)的技術(shù)創(chuàng)新。至于具體的科研與開發(fā)項目，則可以讓大學(xué)、企業(yè)、自主的研發(fā)機構(gòu)自行決定。為此，建議政府尋求更為靈活的公共科研經(jīng)費分配機制，強化其專業(yè)色彩和社會色彩。

　　當(dāng)然，有關(guān)政府部門可以針對國防等方面的需要組織重大技術(shù)攻關(guān)。不過，即便是這類技術(shù)創(chuàng)新活動，其主體也同樣應(yīng)該是企業(yè)。十一五規(guī)劃建議已經(jīng)明確提出：“建立以企業(yè)為主體、市場為導(dǎo)向、產(chǎn)學(xué)研相結(jié)合的技術(shù)創(chuàng)新體系，形成自主創(chuàng)新的基本體制架構(gòu)�！边@不僅是市場體制的需要，也被各國的實踐證明是最有效率的。

　　最近十幾年來，韓國科技創(chuàng)新在海外獲得的專利數(shù)量居世界第十位，企業(yè)研究人員每千人注冊的專利數(shù)量居世界第一位。而韓國在實用技術(shù)創(chuàng)新方面成功的秘訣就是，企業(yè)充當(dāng)著技術(shù)創(chuàng)新的主力軍。2004年，企業(yè)研發(fā)投入在全國研發(fā)總投入中所占的比例高達(dá)75％。正因為企業(yè)是創(chuàng)新的主體，所以，有統(tǒng)計說，韓國將新技術(shù)轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力的周期是世界上最短的。因為，大多數(shù)開發(fā)項目本來就是瞄準(zhǔn)市場需求而進(jìn)行，其成果自然隨時隨地實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化、商品化。

　　對我國來說，要讓企業(yè)成為技術(shù)創(chuàng)新的主體，同樣需要政府部門轉(zhuǎn)變觀念。比如，在分配公共技術(shù)開發(fā)經(jīng)費時，對國有企業(yè)與非公企業(yè)一視同仁。只要政府部門重新定位了自己的角色，致力于為科學(xué)研究和技術(shù)創(chuàng)新活動創(chuàng)造合適的制度框架，則自主的學(xué)術(shù)機構(gòu)和市場化的企業(yè)，就會令中國更快成長為創(chuàng)新型國家。